Un groupe de chercheurs internationaux indépendants a publié son analyse complète des données métagénomiques nouvellement découvertes recueillies par les centres chinois de contrôle et de prévention des maladies en janvier et février 2020. Les données relient étroitement le SRAS-CoV-2 aux traces génétiques des animaux sauvages , en particulier les chiens viverrins, vendus sur le marché de gros des fruits de mer de Huanan à Wuhan, en Chine, l’épicentre précoce de la pandémie de COVID-19, selon l’analyse du groupe.

L’analyse complète fournit des preuves supplémentaires et convaincantes que le coronavirus pandémique a fait son saut vers l’homme par un débordement naturel, avec un animal sauvage sur le marché agissant comme un hôte intermédiaire entre le réservoir naturel du virus chez les chauves-souris en fer à cheval et les humains. Il a été rédigé par 19 scientifiques, dirigés par Michael Worobey, un biologiste de l’évolution à l’Université de l’Arizona ; Kristian Andersen, virologue au Scripps Research Institute en Californie ; et Florence Débarre, théoricienne spécialisée en biologie évolutive au CNRS.

Avant la publication de l’analyse complète lundi soir, les informations sur les résultats n’étaient rendues publiques que par le biais de reportages dans les médias et de déclarations de l’Organisation mondiale de la santé, qui a été informée de l’analyse la semaine dernière. Mais, les données métagénomiques brutes derrière l’analyse ne sont toujours pas accessibles au public. Il a été brièvement publié sur une base de données génétique publique appelée Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) aussi récemment qu’au début de ce mois, et les chercheurs internationaux ont pu le télécharger pendant cette fenêtre de disponibilité. Mais les administrateurs de la base de données ont rapidement supprimé les données après leur découverte, affirmant que la suppression était à la demande de l’auteur, un chercheur du China CDC.

Données sombres

Des chercheurs du CDC chinois ont depuis indiqué aux chercheurs internationaux et à l’OMS qu’ils avaient l’intention de partager les données, ce qui appuie un manuscrit scientifique actuellement en cours d’examen par des pairs dans une revue scientifique. Mais les chercheurs internationaux notent qu’il n’y a pas de calendrier pour la publication des données ou de plans déclarés si leur manuscrit n’est pas accepté pour publication.

Tout au long de la pandémie, les efforts pour enquêter sur les origines du SRAS-CoV-2 ont été contrecarrés par des blocages de la part de la Chine, qui s’en tient à une hypothèse non étayée selon laquelle le virus est originaire de l’extérieur de ses frontières.

Dans des remarques introductives à l’analyse récemment publiée, les chercheurs affirment que, bien qu’ils respectent les conditions d’utilisation du GISAID, il est depuis longtemps dû que ces données soient mises à la disposition du public et de la communauté scientifique. Ils ont demandé à la fois au GISAID et à ses collègues en Chine de le rendre disponible.

« Les conditions d’utilisation du GISAID n’empêchent pas la discussion publique des données tant que les générateurs de données sont reconnus et que tous les efforts ont été faits pour collaborer avec les contributeurs », ont-ils écrit pour défendre la publication de leur analyse complète. « CCDC [China CDC] a jusqu’à présent refusé de collaborer à ce sujet. Nous respectons le droit de nos collègues du CCDC d’être les premiers à publier un manuscrit sur leurs propres données et ne prévoyons pas de soumettre un article qui concurrencerait leur manuscrit actuellement en cours d’examen. données génétiques du public dans le cadre d’un examen par les pairs, la base de données accorde essentiellement au CDC chinois un embargo, ce qui s’écarte de la mission déclarée du GISAID de surmonter rapidement ces obstacles au partage des données virologiques.

« Des échantillons du marché de Huanan ont été collectés en janvier et février 2020 et, compte tenu de leur importance pour comprendre l’origine de la pandémie, nous pensons que c’est un laps de temps déraisonnable qui s’est écoulé », ont écrit les chercheurs.

Contexte des données

Ils ont également souligné que les données métagénomiques brièvement publiées sur GISAID ne sont pas l’intégralité des données génétiques dont dispose le CDC chinois, qu’il n’a pas partagées avec la communauté internationale. Les données métagénomiques d’autres échantillons de marché restent à voir publiquement, notent-ils.

Les données sur lesquelles le groupe a pu mettre la main jusqu’à présent brossent cependant un tableau presque complet de la façon dont la pandémie dévastatrice a commencé. Les données métagénomiques proviennent d’environ 50 fichiers de données, qui sont répertoriés dans l’annexe B de l’analyse, mais ne sont actuellement pas accessibles au public. Les données sont des séquences métagénomiques de certains des écouvillons et des échantillons d’eaux usées que le CDC chinois a collectés autour du marché de Huanan après sa fermeture le 1er janvier 2020. Ces écouvillons ont déjà été signalés ; En février 2022, les chercheurs du CDC chinois ont publié une étude pré-imprimée sur 1 380 échantillons environnementaux et animaux prélevés sur le marché.

L’étude de prépublication a été dirigée par George Gao, alors directeur du China CDC. Il a indiqué que les écouvillons environnementaux étaient positifs pour le SRAS-CoV-2 et contenaient du matériel génétique humain, mais que les écouvillons d’animaux sur le marché – y compris principalement des lapins, des chats errants, des serpents et des hérissons – étaient tous négatifs. Compte tenu de ces découvertes, Gao et ses collègues ont conclu que les humains – et non les animaux – ont introduit le virus dans le grand marché, qui a ensuite agi comme un amplificateur de l’infection en raison du grand nombre de personnes qui visitaient le marché quotidiennement. La Chine avait précédemment suggéré que le virus avait été introduit dans le pays sur des aliments surgelés importés vendus sur le marché.

Pourtant, ces données pré-imprimées indiquaient que les échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 se trouvaient principalement dans la zone sud-ouest du marché, où des mammifères vivants étaient vendus. D’autres enquêtes ont depuis révélé la même chose, notamment l’étude conjointe OMS-Chine et une analyse publiée en juillet dernier dans Science par Worobey et ses collègues. Dans la figure 4 de l’article scientifique, Worobey et ses co-auteurs ont montré que le coin sud-ouest du marché avait la plus forte densité d’échantillons environnementaux positifs pour le SRAS-CoV-2 et était également l’endroit où se trouvaient des mammifères sauvages vendus illégalement. Cela inclut les chiens viverrins, dont l’un a été photographié en 2014 par l’un des auteurs de l’étude, Edward Holmes, biologiste à l’Université de Sydney. L’étude a également révélé que certains des premiers cas humains de COVID-19 se sont regroupés dans la partie ouest du marché, autour de l’endroit où les animaux vivants étaient hébergés.