En novembre 2021, près de deux ans après l’apparition du coronavirus en Wuhan, en Chine, et à travers le monde, les surprises semblaient terminées. Plus de 4 milliards de personnes ont été vaccinées contre le virus et 5 millions sont décédées. Deux nouvelles variantes, connues sous le nom d’alpha et delta, avait augmenté puis reflué. À l’approche de Thanksgiving, de nombreux Américains envisageaient de reprendre leurs voyages pour les vacances.
Et puis, le lendemain de l’épidémie de dinde, la pandémie a créé une nouvelle surprise de taille. Des chercheurs du Botswana et d’Afrique du Sud ont alerté le monde qu’une version hautement mutée du virus était apparue et se propageait rapidement.Omicron, comme l’Organisation mondiale de la santé a appelé cette variante, a rapidement dépassé les autres formes du virus. Il reste dominant aujourd’hui, à l’occasion de son deuxième anniversaire.
Au cours des deux années qui ont suivi son apparition, l’omicron s’est révélé non seulement incroyablement contagieux, mais aussi une merveille évolutive, remettant en question de nombreuses hypothèses que les virologues avaient avant la pandémie. Elle a donné naissance à un nombre impressionnant de descendants, devenus bien plus habiles à échapper à l’immunité et à trouver de nouvelles victimes.
« C’était presque comme s’il y avait une autre pandémie », a déclaré Adam Lauring, expert en virus à l’Université du Michigan.
Lauring et d’autres observateurs d’omicron tentent de donner un sens aux deux dernières années afin de préparer l’avenir. Il est possible qu’omicron devienne un élément permanent de la vie, muté régulièrement comme la grippe saisonnière.
Lorsque l’omicron a été découvert pour la première fois, les États-Unis et d’autres pays ont cru à tort pouvoir arrêter sa propagation en interdisant aux voyageurs en provenance d’Afrique du Sud. En réalité, elle s’était déjà largement répandue. En quelques jours, la Grande-Bretagne, l’Italie et l’Allemagne ont découvert l’omicron lors de tests positifs au COVID.
Le don d’Omicron pour se propager rapidement était le résultat de dizaines de mutations. Ils ont modifié la surface du virus, de sorte que les anticorps produits par les vaccins ou les infections antérieures ne puissent pas s’y coller étroitement et empêcher le virus d’envahir les cellules.
« C’était le premier virus à comprendre de manière significative comment échapper à l’immunité », a déclaré le Dr Jacob Lemieux, spécialiste des maladies infectieuses au Massachusetts General Hospital.
Lemieux et de nombreux autres experts d’Omicron soupçonnent que le variant a acquis ses nouvelles mutations en infectant une seule personne dont le système immunitaire est affaibli. Les personnes immunodéprimées ne peuvent combattre qu’une partie des coronavirus lors d’une infection, permettant à ceux qui restent d’acquérir des mutations qui peuvent contrecarrer le système immunitaire.
« Cela devient comme un laboratoire pour l’évolution des virus », a déclaré Peter Markov, expert en virus à la London School of Hygiene and Tropical Medicine.
Alors que les chercheurs en santé publique suivaient la vague omicron fin 2021, ils ont constaté une différence cruciale par rapport aux vagues précédentes. Par rapport aux variantes précédentes, l’omicron a hospitalisé une plus petite fraction des personnes infectées. L’une des raisons était que de nombreuses personnes étaient immunisées contre les formes antérieures du coronavirus. Nos défenses immunitaires comprennent non seulement des anticorps, mais aussi des cellules immunitaires spéciales capables de reconnaître et de tuer les cellules infectées. Cette deuxième ligne de défense a résisté même contre omicron, empêchant bon nombre des nouvelles infections de devenir graves.
Pourtant, l’omicron a provoqué tellement de nouvelles infections – la vague initiale a infecté près de la moitié de tous les Américains, selon une estimation récente – qu’il a néanmoins déclenché une vague dévastatrice d’hospitalisations.
La vague d’omicrons a frappé les États-Unis et la plupart des autres pays au début de l’année 2022. La Chine a réussi à contenir les vagues grâce à sa politique du « zéro COVID », mais les protestations contre sa brutalité sont devenues si intenses que le président Xi Jinping l’a brusquement abandonnée en novembre 2022. les vannes se sont ouvertes : en quelques semaines, plus d’un milliard de Chinois ont contracté l’omicron, entraînant plus d’un million de décès.
Au fur et à mesure que l’omicron se déplaçait d’une personne à l’autre, ses descendants ont acquis davantage de mutations. Parfois, deux virus omicrons se retrouvaient dans la même cellule, ce qui produisait de nouveaux virus hybrides avec un mélange de leurs gènes. L’une de ces soi-disant recombinaisons a remporté le jackpot en mélangeant deux ensembles de mutations évasives. Le résultat fut un nouvel hybride appelé XBB.
XBB a facilement infecté les gens et est devenu dominant aux États-Unis début 2023.
Les fabricants de vaccins ont essayé de suivre l’évolution rapide d’omicron. En août 2022, la Food and Drug Administration a autorisé des injections de rappel ciblant la variante BA.5 omicron, alors dominante. En septembre 2023, l’agence a autorisé un tir XBB. Mais XBB est désormais en déclin alors qu’une ménagerie de variantes encore plus évasives a évolué.
« En ce moment, nous sommes dans une période de chaos », a déclaré Marc Johnson, expert en virus à l’Université du Missouri.
Plusieurs experts d’Omicron ont déclaré que le chaos pourrait bientôt prendre fin. En août, une variante appelée BA.2.86 est apparue avec une multitude de nouvelles mutations – probablement le résultat, encore une fois, d’une évolution ayant lieu chez une personne immunodéprimée.
Au début, BA.2.86 ne semblait pas à la hauteur de son potentiel génétique, ne parvenant pas à se propager rapidement. « Si la génétique était tout ce qui comptait, elle aurait eu sa propre lettre grecque », a déclaré Thomas Peacock, expert en virus à l’Institut Pirbright de Woking, en Angleterre. « Mais BA.2.86 était un peu un pétard humide. »
Cependant, au cours des derniers mois, la lignée BA.2.86 semble être passée à la vitesse supérieure, obtenant une mutation qui lui permet d’échapper à encore plus d’anticorps. JN.1, comme on appelle cette forme mutée, est devenue la version la plus résistante du coronavirus. Elle semble se développer rapidement en France et pourrait bientôt s’étendre à d’autres pays.
(COMMENCEZ LA GARNITURE OPTIONNELLE.)
Il est difficile de prédire l’évolution future d’un nouveau variant comme JN.1. Son succès dépendra du type de défenses immunitaires qu’il rencontrera lors de sa propagation d’hôte à hôte. Au début de la pandémie, les choses étaient plus simples car personne n’avait développé d’immunité contre le coronavirus.
« Au début, nous n’étions qu’un grand jardin d’enfants », a déclaré Michael Lässig, biologiste évolutionniste à l’université de Cologne.
Aujourd’hui, en revanche, la plupart des habitants de la Terre bénéficient d’une immunité sous une forme ou une autre, que ce soit contre une infection naturelle, contre une vaccination ou les deux. « Le virus voit un écosystème beaucoup plus complexe », a déclaré Lässig.
Cette immunité mondiale signifie qu’une plus petite proportion de personnes mourront qu’au début de la pandémie. Pourtant, le bilan d’Omicron reste lourd. Les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis ont constaté qu’entre octobre 2022 et septembre 2023, plus de 80 000 personnes sont mortes du COVID, soit plus de huit fois plus que celles qui sont mortes de la grippe.
(FIN DE LA GARNITURE OPTIONNELLE.)
Alors qu’omicron continue d’évoluer, les chercheurs en santé publique voient toujours un avantage aux vaccinations. Justin Lessler, chercheur à l’Université de Caroline du Nord, et ses collègues ont récemment réalisé une projection des futures infections au COVID et ont conclu que des campagnes de vaccination annuelles pourraient sauver jusqu’à 49 000 vies par an.
Ces vaccins seront plus efficaces s’ils sont mis à jour pour suivre l’évolution du virus. Mais Katrina Lythgoe, biologiste à l’Université d’Oxford, craint que leur développement ne ralentisse à mesure que les gouvernements cesseront de financer le séquençage génétique des nouvelles variantes.
« Si nous n’ordonnons pas les choses, nous ne les verrons pas », a-t-elle déclaré.
Et puis, le lendemain de l’épidémie de dinde, la pandémie a créé une nouvelle surprise de taille. Des chercheurs du Botswana et d’Afrique du Sud ont alerté le monde qu’une version hautement mutée du virus était apparue et se propageait rapidement.Omicron, comme l’Organisation mondiale de la santé a appelé cette variante, a rapidement dépassé les autres formes du virus. Il reste dominant aujourd’hui, à l’occasion de son deuxième anniversaire.
Au cours des deux années qui ont suivi son apparition, l’omicron s’est révélé non seulement incroyablement contagieux, mais aussi une merveille évolutive, remettant en question de nombreuses hypothèses que les virologues avaient avant la pandémie. Elle a donné naissance à un nombre impressionnant de descendants, devenus bien plus habiles à échapper à l’immunité et à trouver de nouvelles victimes.
« C’était presque comme s’il y avait une autre pandémie », a déclaré Adam Lauring, expert en virus à l’Université du Michigan.
Lauring et d’autres observateurs d’omicron tentent de donner un sens aux deux dernières années afin de préparer l’avenir. Il est possible qu’omicron devienne un élément permanent de la vie, muté régulièrement comme la grippe saisonnière.
Lorsque l’omicron a été découvert pour la première fois, les États-Unis et d’autres pays ont cru à tort pouvoir arrêter sa propagation en interdisant aux voyageurs en provenance d’Afrique du Sud. En réalité, elle s’était déjà largement répandue. En quelques jours, la Grande-Bretagne, l’Italie et l’Allemagne ont découvert l’omicron lors de tests positifs au COVID.
Le don d’Omicron pour se propager rapidement était le résultat de dizaines de mutations. Ils ont modifié la surface du virus, de sorte que les anticorps produits par les vaccins ou les infections antérieures ne puissent pas s’y coller étroitement et empêcher le virus d’envahir les cellules.
« C’était le premier virus à comprendre de manière significative comment échapper à l’immunité », a déclaré le Dr Jacob Lemieux, spécialiste des maladies infectieuses au Massachusetts General Hospital.
Lemieux et de nombreux autres experts d’Omicron soupçonnent que le variant a acquis ses nouvelles mutations en infectant une seule personne dont le système immunitaire est affaibli. Les personnes immunodéprimées ne peuvent combattre qu’une partie des coronavirus lors d’une infection, permettant à ceux qui restent d’acquérir des mutations qui peuvent contrecarrer le système immunitaire.
« Cela devient comme un laboratoire pour l’évolution des virus », a déclaré Peter Markov, expert en virus à la London School of Hygiene and Tropical Medicine.
Alors que les chercheurs en santé publique suivaient la vague omicron fin 2021, ils ont constaté une différence cruciale par rapport aux vagues précédentes. Par rapport aux variantes précédentes, l’omicron a hospitalisé une plus petite fraction des personnes infectées. L’une des raisons était que de nombreuses personnes étaient immunisées contre les formes antérieures du coronavirus. Nos défenses immunitaires comprennent non seulement des anticorps, mais aussi des cellules immunitaires spéciales capables de reconnaître et de tuer les cellules infectées. Cette deuxième ligne de défense a résisté même contre omicron, empêchant bon nombre des nouvelles infections de devenir graves.
Pourtant, l’omicron a provoqué tellement de nouvelles infections – la vague initiale a infecté près de la moitié de tous les Américains, selon une estimation récente – qu’il a néanmoins déclenché une vague dévastatrice d’hospitalisations.
La vague d’omicrons a frappé les États-Unis et la plupart des autres pays au début de l’année 2022. La Chine a réussi à contenir les vagues grâce à sa politique du « zéro COVID », mais les protestations contre sa brutalité sont devenues si intenses que le président Xi Jinping l’a brusquement abandonnée en novembre 2022. les vannes se sont ouvertes : en quelques semaines, plus d’un milliard de Chinois ont contracté l’omicron, entraînant plus d’un million de décès.
Au fur et à mesure que l’omicron se déplaçait d’une personne à l’autre, ses descendants ont acquis davantage de mutations. Parfois, deux virus omicrons se retrouvaient dans la même cellule, ce qui produisait de nouveaux virus hybrides avec un mélange de leurs gènes. L’une de ces soi-disant recombinaisons a remporté le jackpot en mélangeant deux ensembles de mutations évasives. Le résultat fut un nouvel hybride appelé XBB.
XBB a facilement infecté les gens et est devenu dominant aux États-Unis début 2023.
Les fabricants de vaccins ont essayé de suivre l’évolution rapide d’omicron. En août 2022, la Food and Drug Administration a autorisé des injections de rappel ciblant la variante BA.5 omicron, alors dominante. En septembre 2023, l’agence a autorisé un tir XBB. Mais XBB est désormais en déclin alors qu’une ménagerie de variantes encore plus évasives a évolué.
« En ce moment, nous sommes dans une période de chaos », a déclaré Marc Johnson, expert en virus à l’Université du Missouri.
Plusieurs experts d’Omicron ont déclaré que le chaos pourrait bientôt prendre fin. En août, une variante appelée BA.2.86 est apparue avec une multitude de nouvelles mutations – probablement le résultat, encore une fois, d’une évolution ayant lieu chez une personne immunodéprimée.
Au début, BA.2.86 ne semblait pas à la hauteur de son potentiel génétique, ne parvenant pas à se propager rapidement. « Si la génétique était tout ce qui comptait, elle aurait eu sa propre lettre grecque », a déclaré Thomas Peacock, expert en virus à l’Institut Pirbright de Woking, en Angleterre. « Mais BA.2.86 était un peu un pétard humide. »
Cependant, au cours des derniers mois, la lignée BA.2.86 semble être passée à la vitesse supérieure, obtenant une mutation qui lui permet d’échapper à encore plus d’anticorps. JN.1, comme on appelle cette forme mutée, est devenue la version la plus résistante du coronavirus. Elle semble se développer rapidement en France et pourrait bientôt s’étendre à d’autres pays.
(COMMENCEZ LA GARNITURE OPTIONNELLE.)
Il est difficile de prédire l’évolution future d’un nouveau variant comme JN.1. Son succès dépendra du type de défenses immunitaires qu’il rencontrera lors de sa propagation d’hôte à hôte. Au début de la pandémie, les choses étaient plus simples car personne n’avait développé d’immunité contre le coronavirus.
« Au début, nous n’étions qu’un grand jardin d’enfants », a déclaré Michael Lässig, biologiste évolutionniste à l’université de Cologne.
Aujourd’hui, en revanche, la plupart des habitants de la Terre bénéficient d’une immunité sous une forme ou une autre, que ce soit contre une infection naturelle, contre une vaccination ou les deux. « Le virus voit un écosystème beaucoup plus complexe », a déclaré Lässig.
Cette immunité mondiale signifie qu’une plus petite proportion de personnes mourront qu’au début de la pandémie. Pourtant, le bilan d’Omicron reste lourd. Les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis ont constaté qu’entre octobre 2022 et septembre 2023, plus de 80 000 personnes sont mortes du COVID, soit plus de huit fois plus que celles qui sont mortes de la grippe.
(FIN DE LA GARNITURE OPTIONNELLE.)
Alors qu’omicron continue d’évoluer, les chercheurs en santé publique voient toujours un avantage aux vaccinations. Justin Lessler, chercheur à l’Université de Caroline du Nord, et ses collègues ont récemment réalisé une projection des futures infections au COVID et ont conclu que des campagnes de vaccination annuelles pourraient sauver jusqu’à 49 000 vies par an.
Ces vaccins seront plus efficaces s’ils sont mis à jour pour suivre l’évolution du virus. Mais Katrina Lythgoe, biologiste à l’Université d’Oxford, craint que leur développement ne ralentisse à mesure que les gouvernements cesseront de financer le séquençage génétique des nouvelles variantes.
« Si nous n’ordonnons pas les choses, nous ne les verrons pas », a-t-elle déclaré.
