Dans un petit essai, les eaux usées des avions se sont avérées faciles et utiles pour surveiller les variantes du SRAS-CoV-2 atterrissant aux États-Unis, ont rapporté jeudi les Centers for Disease Control and Prevention.
L’étude a révélé que les tests pouvaient être effectués à moindre coût et facilement; il n’a ajouté qu’environ trois minutes supplémentaires aux temps de maintenance des avions dans les aéroports et n’a pas nécessité de harceler les passagers avec des écouvillons nasaux ou d’autres méthodes d’échantillonnage. De plus, les tests pourraient être facilement étendus au besoin, car le monde abandonne largement d’autres stratégies de test et de surveillance du SRAS-CoV-2, ont conclu les auteurs du CDC.
« Cette enquête a démontré la faisabilité de la surveillance des eaux usées des avions en tant qu’approche à faibles ressources par rapport aux tests individuels pour surveiller les variantes du SRAS-CoV-2 sans implication directe des voyageurs ni perturbation des opérations aéroportuaires », ont conclu les auteurs.
Le CDC a mené l’étude en collaboration avec la société de biotechnologie Ginkgo Bioworks. Ensemble, ils ont collecté et testé des échantillons d’eaux usées de 80 vols vers l’aéroport international John F. Kennedy de New York entre le 1er août et le 9 septembre 2022. Tous les vols étaient internationaux, en provenance du Royaume-Uni, des Pays-Bas et de France.
Dans l’ensemble, 65 échantillons d’eaux usées en suspension dans l’air provenant de 80 vols (81 %) étaient positifs pour le SRAS-CoV-2. Le taux d’échantillons positifs était le même dans les trois pays : les échantillons des Pays-Bas étaient positifs à 81 %, avec 22 échantillons positifs sur 27 ; la France aussi, avec 22 des 27 échantillons positifs ; tout comme le Royaume-Uni, avec 21 des 26 échantillons positifs.
Les chercheurs ont pu obtenir 27 séquences du génome de 25 des échantillons. Tous les génomes ont révélé des sous-lignées omicron, principalement BA.5 ainsi que BA.4.6 et BA.2.75.
L’étude ajoute à d’autres preuves que la surveillance des eaux usées des aéroports et des avions peut jouer un rôle dans la surveillance de la propagation des agents pathogènes, tels que le SRAS-CoV-2. Et cela s’inscrit dans les efforts plus larges déployés par le CDC à l’époque de la pandémie pour intégrer l’échantillonnage des eaux usées dans ses systèmes de surveillance des agents pathogènes.
Cela s’est avéré utile dans divers endroits du pays pour surveiller les premières poussées de COVID-19 ainsi que pour suivre la propagation de la poliomyélite à New York. Dans le cas du SRAS-CoV-2, l’excrétion virale dans les matières fécales peut commencer très tôt dans une infection, potentiellement avant qu’une personne ne présente des symptômes.
Il y a des limites à la surveillance des aéronefs, bien sûr. Ce sera surtout utile pour les vols plus longs, où les gens sont plus susceptibles d’utiliser les toilettes. Et il n’est pas clair si toutes les compagnies aériennes accepteront l’échantillonnage. Enfin, étant donné que les voyageurs internationaux peuvent avoir plusieurs vols de correspondance avant d’arriver aux États-Unis, il peut ne pas être possible de suivre l’origine des variantes qui arrivent aux États-Unis.
Pourtant, les auteurs disent que la surveillance a sa place. « En combinaison avec la surveillance basée sur les voyageurs, la surveillance des eaux usées des avions peut fournir un système d’alerte précoce complémentaire pour la détection des variantes du SRAS-CoV-2 et d’autres agents pathogènes préoccupants pour la santé publique. »