Le traitement antibiotique perturbe l’équilibre des bactéries bénéfiques et nocives dans l’intestin d’une personne. Cette perturbation peut entraîner la prolifération d’espèces fongiques dans le mycobiote intestinal, y compris la levure intestinale commune Candida albicans. Cependant, les chercheurs n’ont qu’une compréhension limitée des mécanismes sous-jacents.
Cette semaine dans biologique, une revue en libre accès de l’American Society for Microbiology, dans une première étude de ce type sur des sujets humains, des chercheurs européens rapportent comment un traitement avec un antibiotique bêta-lactamine commun a conduit à des changements significatifs dans C. albicans chez les malades. Notamment, ils ont constaté que tous les patients ne répondaient pas de la même manière, et la mesure dans laquelle C. albicans l’augmentation des populations dépendait en grande partie du microbiote de l’individu. Cette variation suggère que le risque de C. albicans la prolifération, en réponse à un traitement antibiotique, n’est pas la même pour tout le monde.
« Cette étude montre que la situation est plus complexe qu’on ne le pensait, et avec certains antibiotiques comme la bêta-lactamine, cette augmentation de C. albicans varie d’une personne à l’autre », a déclaré la microbiologiste et auteure principale Marie-Elisabeth Bougnoux, MD, Ph.D., à l’Institut Pasteur de Paris, en France.
Les chercheurs ont longtemps étudié les effets des antibiotiques sur le microbiote intestinal, mais moins d’attention a été accordée au mycobiote, ou collection d’espèces fongiques intestinales. Les auteurs de la nouvelle étude soulignent 2 raisons.
« Premièrement, le mycobiote est difficile à étudier avec des techniques de métagénomique », a déclaré Margot Delavy, titulaire d’un doctorat. étudiant à l’institut et premier auteur de l’article, « et deuxièmement, la concentration des champignons est bien inférieure à celle des bactéries », ce qui les rend plus difficiles à mesurer. « Les techniques métagénomiques répétables pour étudier les champignons de l’intestin ne sont devenues disponibles que récemment », a-t-elle déclaré.
Pour la nouvelle étude, Bougnoux et ses collègues ont utilisé des échantillons fécaux pour suivre les changements dans le mycobiote intestinal de 2 groupes de 11 patients sains avant, pendant et après qu’ils aient été traités avec du céfotaxime (dans un groupe) ou de la ceftriaxone (dans l’autre) . Les deux médicaments sont des antibiotiques céphalosporines de troisième génération. Le groupe a d’abord identifié la fraction de l’ADN fécal associée aux espèces fongiques. Ensuite, ils ont utilisé un séquençage à haut débit pour identifier les espèces fongiques présentes dans l’intestin sain des volontaires, avant le traitement antibiotique. Ils ont constaté que la diversité et l’abondance des espèces variaient non seulement d’une personne à l’autre, mais aussi d’une collection à l’autre chez le même individu. L’équipe a utilisé une qPCR spécifique pour quantifier les niveaux de C. albicans et trouvé le champignon présent chez 95% des participants.
Les chercheurs ont effectué des analyses similaires pendant et après le traitement antibiotique. Ils ont constaté que dans l’ensemble, la charge fongique – la fraction d’ADN fécal – augmentait chez tous les patients après un traitement aux antibiotiques. Mais au niveau des espèces, ces réponses variaient considérablement. Certains individus ont connu une augmentation significative de l’abondance de C. albicans et d’autres espèces, contrairement à d’autres. (Au moins un participant a même montré une diminution.)
Des analyses plus poussées des échantillons ont révélé que les variations de la réponse fongique au traitement antibiotique étaient liées à l’activité de l’enzyme bêta-lactamase, qui est produite par des bactéries endogènes du microbiote du sujet. Les personnes ayant des niveaux inférieurs de bêta-lactamase ont connu une plus grande croissance de champignons, y compris C. albicans, que ceux avec des niveaux plus élevés de l’enzyme.
Bougnoux, dont les travaux antérieurs ont porté sur la façon dont intestinal C. albicans la colonisation conduit à l’infection, a déclaré que le groupe souhaitait se concentrer sur l’utilisation d’antibiotiques car il s’agit d’un facteur de risque majeur de colonisation. La nouvelle étude, a-t-elle noté, est une première étape prometteuse pour comprendre comment le mycobiote réagit au traitement – mais ce n’est que le début.
« Notre étude a été réalisée sur des volontaires humains qui n’ont reçu qu’un seul antibiotique, mais les vrais patients en reçoivent souvent plusieurs », a déclaré Bougnoux. Et ceux qui en reçoivent le plus sont les plus susceptibles de développer des infections fongiques, a-t-elle ajouté. « Il reste à voir si la relation que nous avons trouvée entre les bêta-lactamines et la réduction intestinale C. albicans la colonisation est également vraie chez ces patients. »
