MELBOURNE : Le virus SARS-CoV-2, qui cause le Covid-19, est le mieux adapté pour infecter les cellules humaines, plutôt que les cellules de chauve-souris ou de pangolin, selon une étude qui soulève des questions sur l’origine du virus.
Les chercheurs de l’Université Flinders et de l’Université La Trobe en Australie ont utilisé une modélisation informatique haute performance de la forme du virus SARS-CoV-2 au début de la pandémie pour prédire sa capacité à infecter les humains et 12 animaux domestiques et exotiques.
L’étude, publiée jeudi dans la revue Scientific Reports, visait à aider à identifier tout vecteur animal intermédiaire qui aurait pu jouer un rôle dans la transmission d’un virus de chauve-souris à l’homme.
Les chercheurs ont utilisé les données génomiques des 12 espèces animales pour créer minutieusement des modèles informatiques des principaux récepteurs de la protéine ACE2 pour chaque espèce.
Ces modèles ont ensuite été utilisés pour calculer la force de liaison de la protéine de pointe du SARS-CoV-2 à chaque espèce ACE2, qui agit comme le récepteur du SARS-CoV-2 et lui permet d’infecter la cellule.
Les résultats ont montré que le SRAS-CoV-2 se liait à l’ACE2 sur les cellules humaines plus étroitement que n’importe quelle espèce animale testée, y compris les chauves-souris et les pangolins.
Les chercheurs ont expliqué que si l’une des espèces animales testées était l’origine, on s’attendrait normalement à ce qu’elle présente la liaison la plus élevée au virus.
Les humains ont montré la liaison de pointe la plus forte, compatible avec la forte sensibilité au virus, mais très surpris si un animal était la source initiale de l’infection chez l’homme, a déclaré David Winkler, professeur à l’Université La Trobe.
La modélisation informatique a révélé que la capacité du virus à se lier à la protéine ACE2 de la chauve-souris était faible par rapport à sa capacité à se lier aux cellules humaines, a déclaré Winkler.
Selon les chercheurs, cela plaide contre la transmission directe du virus des chauves-souris aux humains.
Si le virus a une source naturelle, il n’a pu arriver à l’homme que via une espèce intermédiaire qui n’a pas encore été trouvée, a déclaré le professeur Nikolai Petrovsky de l’Université Flinders.
La modélisation informatique de l’équipe montre que le virus SARS-CoV-2 est également lié relativement fortement à l’ACE2 des pangolins, un mangeur de fourmis exotique rare que l’on trouve dans certaines parties de l’Asie du Sud-Est.
Winkler a déclaré que les pangolins présentaient l’énergie de liaison aux pointes la plus élevée de tous les animaux examinés par l’étude, nettement plus élevée que les chauves-souris, les singes et les serpents.
Les chercheurs ont déclaré que certains scientifiques avaient suggéré à tort au début de la pandémie qu’ils avaient trouvé le SRAS-CoV-2 dans les pangolins.
Cela était dû à un malentendu et cette affirmation a été rapidement retirée car le coronavirus du pangolin qu’ils ont décrit avait moins de 90% de similitude génétique avec le SRAS-CoV-2 et ne pouvait donc pas être son ancêtre, a déclaré Petrovsky.
Cette étude et d’autres ont cependant montré que la partie spécifique de la protéine de pointe du coronavirus du pangolin qui se lie à l’ACE2 était presque identique à celle de la protéine de pointe du SRAS-CoV-2.
Ce partage de la protéine de pointe presque identique, qui permet au virus d’entrer dans les cellules, explique presque certainement pourquoi le SRAS-CoV-2 se lie si bien au pangolin ACE2, selon les chercheurs.
Dans l’ensemble, mis à part les résultats intrigants du pangolin ACE2, notre étude a montré que le virus Covid-19 était très bien adapté pour infecter les humains, a déclaré Petrovsky.
L’étude suggère également que certains animaux domestiqués comme les chats, les chiens et les vaches sont également susceptibles d’être sensibles à l’infection par le SRAS-CoV-2.
La question extrêmement importante et ouverte de savoir comment le virus en est venu à infecter les humains a actuellement deux explications principales, ont-ils déclaré.
Le virus pourrait être passé à l’homme des chauves-souris via un animal intermédiaire encore introuvable (origine zoonotique), selon les chercheurs.
Cependant, il ne peut pas encore être exclu qu’il ait été libéré accidentellement d’un laboratoire de virologie, ont-ils déclaré.
Une enquête scientifique approfondie et fondée sur des preuves est nécessaire pour déterminer laquelle de ces explications est correcte, ont ajouté les chercheurs.
Les chercheurs de l’Université Flinders et de l’Université La Trobe en Australie ont utilisé une modélisation informatique haute performance de la forme du virus SARS-CoV-2 au début de la pandémie pour prédire sa capacité à infecter les humains et 12 animaux domestiques et exotiques.
L’étude, publiée jeudi dans la revue Scientific Reports, visait à aider à identifier tout vecteur animal intermédiaire qui aurait pu jouer un rôle dans la transmission d’un virus de chauve-souris à l’homme.
Les chercheurs ont utilisé les données génomiques des 12 espèces animales pour créer minutieusement des modèles informatiques des principaux récepteurs de la protéine ACE2 pour chaque espèce.
Ces modèles ont ensuite été utilisés pour calculer la force de liaison de la protéine de pointe du SARS-CoV-2 à chaque espèce ACE2, qui agit comme le récepteur du SARS-CoV-2 et lui permet d’infecter la cellule.
Les résultats ont montré que le SRAS-CoV-2 se liait à l’ACE2 sur les cellules humaines plus étroitement que n’importe quelle espèce animale testée, y compris les chauves-souris et les pangolins.
Les chercheurs ont expliqué que si l’une des espèces animales testées était l’origine, on s’attendrait normalement à ce qu’elle présente la liaison la plus élevée au virus.
Les humains ont montré la liaison de pointe la plus forte, compatible avec la forte sensibilité au virus, mais très surpris si un animal était la source initiale de l’infection chez l’homme, a déclaré David Winkler, professeur à l’Université La Trobe.
La modélisation informatique a révélé que la capacité du virus à se lier à la protéine ACE2 de la chauve-souris était faible par rapport à sa capacité à se lier aux cellules humaines, a déclaré Winkler.
Selon les chercheurs, cela plaide contre la transmission directe du virus des chauves-souris aux humains.
Si le virus a une source naturelle, il n’a pu arriver à l’homme que via une espèce intermédiaire qui n’a pas encore été trouvée, a déclaré le professeur Nikolai Petrovsky de l’Université Flinders.
La modélisation informatique de l’équipe montre que le virus SARS-CoV-2 est également lié relativement fortement à l’ACE2 des pangolins, un mangeur de fourmis exotique rare que l’on trouve dans certaines parties de l’Asie du Sud-Est.
Winkler a déclaré que les pangolins présentaient l’énergie de liaison aux pointes la plus élevée de tous les animaux examinés par l’étude, nettement plus élevée que les chauves-souris, les singes et les serpents.
Les chercheurs ont déclaré que certains scientifiques avaient suggéré à tort au début de la pandémie qu’ils avaient trouvé le SRAS-CoV-2 dans les pangolins.
Cela était dû à un malentendu et cette affirmation a été rapidement retirée car le coronavirus du pangolin qu’ils ont décrit avait moins de 90% de similitude génétique avec le SRAS-CoV-2 et ne pouvait donc pas être son ancêtre, a déclaré Petrovsky.
Cette étude et d’autres ont cependant montré que la partie spécifique de la protéine de pointe du coronavirus du pangolin qui se lie à l’ACE2 était presque identique à celle de la protéine de pointe du SRAS-CoV-2.
Ce partage de la protéine de pointe presque identique, qui permet au virus d’entrer dans les cellules, explique presque certainement pourquoi le SRAS-CoV-2 se lie si bien au pangolin ACE2, selon les chercheurs.
Dans l’ensemble, mis à part les résultats intrigants du pangolin ACE2, notre étude a montré que le virus Covid-19 était très bien adapté pour infecter les humains, a déclaré Petrovsky.
L’étude suggère également que certains animaux domestiqués comme les chats, les chiens et les vaches sont également susceptibles d’être sensibles à l’infection par le SRAS-CoV-2.
La question extrêmement importante et ouverte de savoir comment le virus en est venu à infecter les humains a actuellement deux explications principales, ont-ils déclaré.
Le virus pourrait être passé à l’homme des chauves-souris via un animal intermédiaire encore introuvable (origine zoonotique), selon les chercheurs.
Cependant, il ne peut pas encore être exclu qu’il ait été libéré accidentellement d’un laboratoire de virologie, ont-ils déclaré.
Une enquête scientifique approfondie et fondée sur des preuves est nécessaire pour déterminer laquelle de ces explications est correcte, ont ajouté les chercheurs.
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