New York cartographie le génome du coronavirus pour aider à suivre les futures épidémies


NEW YORK – Des scientifiques du département de la santé de New York ont ​​commencé à analyser le matériel génétique du nouveau coronavirus pour leur permettre de retracer les origines de toute épidémie future dans les mois à venir alors qu’ils cherchent prudemment à rouvrir la ville en grande partie fermée.

Leur travail rejoint des efforts similaires dans des dizaines d’institutions du monde entier, qui ont séquencé les génomes d’échantillons de virus et regroupé leurs résultats dans une base de données mondiale en ligne, permettant aux chercheurs d’observer de subtiles différences entre les échantillons pour suivre la propagation de l’épidémie.

Le Dr Oxiris Barbot, commissaire à la santé de la ville, a déclaré à Reuters lors d’une visite cette semaine au Public Health Laboratory de Manhattan que le séquençage du génome pourrait aider à atténuer toute deuxième vague d’infections plus tard dans l’année.

« Nous pouvons utiliser ces informations sur les empreintes digitales pour comprendre si ces infections supplémentaires sont dues à des infections qui étaient toujours présentes dans la ville ou si elles ont été importées d’ailleurs », a-t-elle déclaré dans une interview, portant un masque en tissu à motifs floraux sur son nez et sa bouche.

Au neuvième étage du laboratoire, des scientifiques portant des équipements de protection bleus et des écrans faciaux travaillent sur le séquençage dans des pièces exiguës, dont les portes sont enduites d’avertissements et de règles de sécurité.

Un document distribué par les Centers for Disease Control and Prevention montre une image en microscopie électronique à transmission d'un isolat du premier cas américain de COVID-19.
Un document distribué par les Centers for Disease Control and Prevention montre une image en microscopie électronique à transmission d’un isolat du premier cas américain de COVID-19.EPA

Des collègues à d’autres étages effectuent des tests de diagnostic pour COVID-19, la maladie respiratoire potentiellement mortelle causée par le coronavirus, sur des échantillons envoyés par les hôpitaux de la ville sans leurs propres installations de test.

Les pommes de douche sont encastrées dans les plafonds des couloirs ternes du bâtiment et peuvent être activées avec le coup d’un cordon si un travailleur craint d’être contaminé par tout ce qu’il étudie.

Le génome du nouveau coronavirus consiste en un seul brin court d’acide ribonucléique, ou ARN, une séquence distinctive de molécules de base génétique, parfois décrite par des lettres, que le virus utilise pour détourner la machinerie cellulaire de son hôte et faire des copies de lui-même.

Seuls quatre types de lettres différents composent une chaîne d’ARN, appelée par les généticiens c, u, a et g. Le nouveau génome du coronavirus fait environ 30 000 lettres, minuscule par rapport aux 3 milliards de lettres qui composent l’ADN, ou acide désoxyribonucléique, du génome humain.

Comme le virus se réplique à l’intérieur de son hôte, il peut faire de minuscules erreurs de transcription, altérant sa signature génétique. Ces mutations, qui peuvent se transmettre lors d’infections ultérieures, peuvent être détectées dans des échantillons prélevés sur des patients pour créer une sorte d’arbre généalogique génétique.

En face de First Avenue du Public Health Laboratory, des scientifiques de la Grossman School of Medicine de l’Université de New York qui ont séquencé des échantillons du virus ont déduit que la variante du virus dominant à New York – le cœur de l’une des épidémies les plus meurtrières au monde – est arrivée via L’Europe .

« C’est un peu comme faire un travail de détective », a déclaré Adriana Heguy, l’une des chercheurs de l’Université de New York, dans une interview.

Elle a partagé ses résultats avec des collègues du monde entier via la base de données GISAID basée en Allemagne, qui a été créée pour suivre le flux et le reflux des virus de la grippe. « Vous pouvez trouver votre chaîne de transmission en faisant cela », a-t-elle déclaré.

Les responsables de la santé peuvent utiliser ces connaissances pour déterminer quelles mesures sont plus efficaces que d’autres et où se situent leurs points de vulnérabilité.

Alors que la plupart des mutations sont triviales et n’affectent pas le comportement du virus, Heguy et d’autres chercheurs travaillent également à amasser suffisamment d’échantillons pour voir s’il y a des différences cliniques observées dans différentes variantes du virus et leur travail peut aider à concevoir un vaccin qui offre le protection la plus large possible.

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